Sejak bergulirnya reformasi tahun 1998, penyelenggaraan pemerintahan berubah secara drastis, mulai dari pusat hingga desa. Dalam kaitan dengan itu, terbitnya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 yang kemudian digantikan dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah secara otomatis menggugurkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1979 tentang Pemerintahan Desa. Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 menegaskan bahwa Desa atau disebut dengan nama lain adalah kesatuan masyarakat hukum yang memiliki batas-batas wilayah yang berwenang untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat berdasarkan asal-usul dan adat istiadat setempat yang diakui dan dihormati dalam sistem pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia.

                 Sebagai perwujudan demokrasi, dalam penyelenggaraan pemerintahan Desa, dibentuk Badan Permusyawaratan Desa (BPD) atau sebutan lain yang sesuai dengan budaya yang berkembang di Desa bersangkutan, yang berfungsi menetapkan Peraturan Desa bersama Kepala Desa, menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat. Keanggotaan Badan Permusyawaratan Desa terdiri dari wakil penduduk Desa bersangkutan yang ditetapkan dengan cara musyawarah dan mufakat. Masa Jabatan Badan Permusyawaratan Desa 6 (enam) Tahun dan diperpanjang 8 (delapan) Tahun dan dapat dipilih kembali untuk 1 (satu) kali masa jabatan berikutnya. Desa Leloboko merupakan salah satu desa yang berada di kecamatan Amfoang Selatan, sejak Tahun 1969 Pemerintahan didesa terbentuk. Sehubungan dengan system pemerintahan orde lama yang bersifat otoriter/fiodal maka system ini perlu ditinjau kembali dengan peralihan system pemerintahan orde lama menjadi orde baru. Dengan demikian maka pada Tahun 1969 status pemerintahannya (Desa Leloboko) dirubah dari status kefetoran menjadi desa yang sampai saat ini disebut system pemerintahan desa.

                 Pada masa tersebut, kepala desa pertama dijabat oleh Thofilus Naetasi (Alm) selama 4 (empat) periode dari Tahun 1969 – 1988, kemudian kepala desa kedua dijabat oleh Paulus Sonis selama 2 Periode dari Tahun 1988 – 1999, Kepala Desa ketiga dijabat oleh Yakob Naetasi selama 3 periode dari Tahun 1999 – 2013, kemudian kepala desa keempat dijabat oleh Yeheskial Naetasi selama 1 periode dari Tahun 2013 – 2019, kemudian Penjabat Kepala desa di jabat oleh Marthinus Baitanu selama 3 Tahun dari Tahun 2019-2021 dan kepala Desa ke lima dijabat oleh Agusthinus Teflopo dari tahun 2021 sampai sekarang.